Sepuluh tahun yang lalu, letusan gunung berapi membawa Kepulauan Ayaka di Jepang ke ambang kehancuran. Sejak saat itu, Yukito Yanagi tinggal bersama keluarga asuh di daratan, tetapi dia mengisolasi diri dari orang lain setelah insiden yang mengganggu. Karena keinginan mendiang ayahnya, Makoto, Yukito dibawa kembali ke tempat kelahirannya pada hari kelulusan sekolah menengahnya. Di sana ia bertemu dengan murid-murid Makoto dan belajar tentang keadaan supranatural di wilayah tersebut. Makhluk hidup misterius yang dikenal sebagai Mitama mendiami pulau-pulau tersebut, namun potensi mereka untuk memakan energi negatif manusia dan berubah menjadi monster ganas yang disebut Ara-Mitama membahayakan kehidupan para penduduk.
Yukito menemukan bahwa, seperti ayahnya, dia adalah seorang Ley Master – individu istimewa dengan kemampuan yang mirip dengan sihir, yang bertugas menenangkan Ara-Mitama. Saat dia belajar untuk mengatasi traumanya dan mengendalikan kekuatannya, Yukito memutuskan untuk mengikuti jejak ayahnya dan menjadi Ley Master kelas satu untuk melindungi kedamaian Ayaka.
