Ketika “Siren”, kekuatan alien dengan persenjataan yang jauh melampaui batas teknologi saat ini, tiba-tiba muncul, umat manusia yang terpecah-belah berdiri dalam solidaritas penuh untuk pertama kalinya. Empat negara-Eagle Union, Royal Navy, Sakura Empire, dan Iron Blood-membentuk Azur Lane, membuka jalan bagi peningkatan peperangan modern, yang berujung pada kemenangan awal melawan ancaman bersama. Namun, persatuan yang renggang ini terancam oleh cita-cita yang berlawanan, sehingga aliansi ini terpecah menjadi dua. Kekaisaran Sakura dan Darah Besi memisahkan diri dan membentuk Poros Merah, dan umat manusia kembali terpecah belah.
Sebagai petarung yang berpengalaman dan berpengalaman, Enterprise “Grey Ghost” memikul harapan Azur Lane untuk mengakhiri perang. Namun, di balik kepribadiannya yang tabah, dia menyembunyikan seorang gadis yang lemah, takut akan lautan. Meski begitu, dia terus bertarung karena dia percaya bahwa itulah satu-satunya tujuan keberadaannya. Sementara itu, Javelin, Laffey, dan Unicorn – tiga kapal dari serikat pekerja – bertemu dengan Ayanami, seorang mata-mata dari Poros Merah. Anehnya, mereka mencoba berteman dengannya, tetapi sebagai musuh, usaha mereka sia-sia. Namun, mereka tetap bertahan dengan harapan akan berhasil suatu hari nanti.
Di tengah konflik yang tak kunjung usai di antara umat manusia, kunci yang dapat menyatukan ras yang terpecah-pecah mungkin ada: seorang prajurit yang menerima kepribadiannya yang misterius dan persahabatan di antara mereka yang memiliki cita-cita yang berbeda.
