Lima tahun yang lalu, gelembung-gelembung yang melawan gravitasi dengan kekuatan misterius menghujani bumi. Setelah ledakan besar yang tidak diketahui asalnya, Tokyo menjadi titik nol, dengan kota yang tertutup gelembung raksasa. Akibat fenomena “Bubble Fall” ini, kota metropolitan yang dulunya merupakan ibu kota Jepang ini tenggelam dalam lautan yang melawan gravitasi; pemerintah menyatakan bahwa kota ini merupakan zona terlarang, dan para penduduknya pun meninggalkan kota ini.
Anak-anak yatim piatu yang menjadi korban Bubble Fall kini hidup secara ilegal di Tokyo, ikut serta dalam pertarungan tim parkour yang berbahaya melintasi gedung-gedung bobrok di kota ini. Hibiki-seorang jagoan berbakat dalam permainan ini dengan kemampuan melompat di antara gelembung-berkata bahwa ia dapat mendengar suara dari Menara Tokyo. Bertekad untuk mengungkap misterinya, dia berangkat menuju sumbernya, tetapi dia jatuh ke dalam air di bawahnya.
Seorang gadis aneh, yang kemudian ia beri nama Uta, menyelamatkannya. Namun, Hibiki tidak tahu bahwa kemunculan Uta dalam hidupnya akan mengungkap rahasia di balik peristiwa dahsyat yang mengubah dunia mereka selamanya.
