“Sang Gembala”, legenda urban dari Akademi Shiomi, konon muncul di hadapan para siswa yang bekerja keras untuk mengabulkan permintaan mereka.
Saat asyik membaca buku di dalam Perpustakaan Besar sekolah yang terkenal, Kyoutarou Kakei, siswa kelas dua dan presiden de facto Klub Perpustakaan, menerima email dari Sang Gembala yang meramalkan sebuah peristiwa yang akan mengubah nasibnya. Khawatir dengan pesan tersebut, Kyoutarou bergegas ke stasiun kereta terdekat dan bertemu dengan sesama siswa, Tsugumi Shirasaki, yang ia selamatkan dari tabrakan kereta yang tergelincir. Bersyukur atas tindakan heroiknya, Tsugumi bergabung dengan Klub Perpustakaan dan mengundang Kyoutarou untuk berpartisipasi dalam “Proyek Bahagia Shiomi” yang misterius. Bersama dengan anggota baru klub lainnya, mereka berusaha untuk membuat akademi menjadi tempat yang lebih baik dan mengungkap identitas Shepherd yang penuh teka-teki.
