Shinichi Kudou, seorang siswa SMA yang memiliki bakat luar biasa dalam pekerjaan detektif, terkenal karena telah memecahkan beberapa kasus yang menantang. Suatu hari, ketika Shinichi melihat dua orang yang mencurigakan dan memutuskan untuk mengikuti mereka, dia secara tidak sengaja menjadi saksi dari sebuah aktivitas ilegal yang mengganggu. Sayangnya, dia tertangkap basah, sehingga kedua pria itu menyuntiknya dengan obat eksperimental yang diracik oleh organisasi kriminal mereka, dan membuatnya mati. Namun, yang mengherankan, Shinichi hidup untuk melihat hari lain, tetapi sekarang dalam tubuh seorang anak berusia tujuh tahun.
Dengan sempurna mempertahankan kecerdasan aslinya, dia menyembunyikan identitas aslinya dari semua orang, termasuk teman masa kecilnya, Ran Mouri, dan ayahnya, detektif swasta Kogorou Mouri. Untuk itu, dia menggunakan nama samaran Conan Edogawa, yang terinspirasi dari penulis misteri Arthur Conan Doyle dan Ranpo Edogawa.
Detektif Conan mengikuti Shinichi yang, sebagai Conan, mulai secara diam-diam memecahkan kasus Mouri senior dari balik layar dengan keterampilan menyelidikinya yang masih luar biasa, sambil secara diam-diam menyelidiki organisasi yang bertanggung jawab atas keadaannya saat ini, dengan harapan dapat membalikkan efek obat tersebut suatu hari nanti.
