Taichi Yagami dan teman-temannya telah pindah ke sekolah menengah pertama, tetapi pada saat itu, mereka telah kehilangan kontak dengan mitra Digimon mereka. Oleh karena itu, Taichi terkejut ketika tiba-tiba menerima panggilan darurat yang memanggilnya ke Dunia Digital. Sesampainya di sana, dia mengetahui bahwa para Digimon hidup dalam ketakutan akan Kaisar Digimon yang misterius, yang entah bagaimana menekan kemampuan mereka untuk melakukan Digivolve!
Di dunia nyata, Hikari Yagami dan Takeru Takaishi bertemu kembali di kelas lima yang sama. Mereka berbagi tiga teman sekolah: Daisuke Motomiya, yang mengingatkan mereka berdua pada Taichi; Miyako Inoue, seorang penyihir teknis; dan Iori Hida, tetangga Miyako. Ketika ketiga anak ini menerima Digivices “D-3”, mereka-bersama dengan Hikari dan Takeru, yang masih memiliki Digivices asli mereka sendiri-terdiri dari generasi baru “Anak Terpilih” yang harus menyelamatkan dunia sekali lagi. Dengan kekuatan Armored Digi-Eggs, mereka harus menggagalkan rencana Kaisar Digimon untuk menyebarkan pengaruhnya ke seluruh Dunia Digital.
