Ketika Anak Terpilih dan Digimon pasangannya hidup bahagia bersama di dunia manusia, Taichi Yagami dan Yamato Ishida, bersama teman-temannya, mendedikasikan diri mereka untuk menjaga perdamaian yang telah diperoleh dengan susah payah. Meskipun disatukan oleh tanggung jawab bawaan ini, masing-masing telah mulai mengambil langkah pertama menuju masa depan di luar menjadi Anak Terpilih.
Namun, perjalanan baru ini terganggu oleh kemunculan Menoa Bellucci, seorang profesor Amerika yang berspesialisasi dalam penelitian Digimon. Dia membawa berita tentang beberapa Anak Terpilih dari seluruh dunia yang ditemukan dalam keadaan koma, dengan pasangan Digimon mereka yang tidak dapat ditemukan. Investigasi Menoa menunjukkan bahwa jenis Digimon baru berada di balik fenomena yang mengkhawatirkan ini: Eosmon, yang bersembunyi di kedalaman internet.
Untuk berhasil dalam misi ini, tim harus berusaha melewati jarak yang semakin jauh di antara mereka dan bersatu untuk terakhir kalinya.
