Anak-anak Terpilih telah dipertemukan kembali dengan rekan-rekan Digimon mereka, yang tidak lagi mengingat mereka karena efek reset digital. Sementara semua orang mencoba untuk terhubung kembali dengan monster digital mereka, Sora Takenouchi menghadapi perlawanan dari Piyomon, yang dengan keras kepala menolak untuk berbicara dengannya. Tiba-tiba, serangan dari Digimon yang bermusuhan memisahkan kelompok tersebut, membuat mereka dan Digimon mereka tercerai-berai di seluruh Dunia Digital.
Kembali ke dunia manusia, Daigo Nishijima dari Badan Administrasi Incorporated menerima peringatan bahwa sebuah entitas baru sedang mengejar “Libra,” yang dia yakini sebagai nama samaran untuk Meicoomon. Untuk beberapa alasan, Meicoomon menyimpan semua ingatannya dan oleh karena itu masih mengingat rekannya Meiko Mochizuki, yang datang sendirian ke Dunia Digital untuk mencarinya. Jika mereka berharap untuk mengidentifikasi kekuatan lain yang telah mendorong insiden-insiden yang terjadi selama ini, Anak-anak Terpilih harus selamat dari rintangan Dunia Digital yang telah diciptakan kembali dan kembali ke rumah.
