Setelah neraka misterius membunuh keluarganya, Shirou diselamatkan dan diadopsi oleh Kiritsugu Emiya, yang mengajarinya cara-cara sihir dan keadilan.
Suatu malam, bertahun-tahun setelah kematian Kiritsugu, Shirou sedang membersihkan sekolah, ketika dia mendapati dirinya terjebak di tengah-tengah pertemuan mematikan antara dua manusia super yang dikenal sebagai Servant. Dalam usahanya untuk melarikan diri, anak laki-laki itu tertangkap oleh salah satu Servant dan menerima cedera yang mengancam jiwa. Secara ajaib, dia selamat, tetapi Servant yang sama kembali untuk menyelesaikan apa yang dia mulai. Dalam keputusasaan, Shirou memanggil seorang Servant miliknya, seorang ksatria bernama Saber. Keduanya sekarang harus berpartisipasi dalam Perang Cawan Suci Kelima, sebuah battle royale yang melibatkan tujuh Servant dan penyihir yang memanggil mereka, dengan hadiah utama tidak lain adalah Cawan Suci yang mahakuasa itu sendiri.
Fate/stay night mengikuti Shirou saat dia berjuang untuk menemukan garis tipis antara pahlawan dan pembunuh, cita-citanya berbenturan dengan kenyataan pahit di sekitarnya. Akankah anak laki-laki ini menjadi pahlawan seperti ayah angkatnya, atau mati saat mencoba?
