Puluhan tahun di masa depan, umat manusia dikepung oleh ras alien yang dikenal sebagai Nova. Makhluk yang tidak manusiawi ini meninggalkan kehancuran di belakang mereka setiap kali mereka muncul, dengan upaya untuk mencegah mereka dikenal sebagai Nova Clashes. Para wanita muda yang dikenal sebagai “Pandora” dan pria muda yang dikenal sebagai “Pembatas” ditanamkan stigmata untuk memberi mereka kekuatan super dan dilatih di akademi militer, di mana mereka harus belajar bekerja sama jika umat manusia ingin memiliki kesempatan untuk bertahan hidup.
Freezing bercerita tentang Kazuya Aoi saat ia berangkat ke hari pertamanya di akademi militer West Genetics, tepat saat battle royale sedang dilakukan oleh Pandora. Di sinilah dia salah mengira Satellizer el Bridget-Pandora yang kuat yang dikenal sebagai “Ratu yang Tak Tersentuh”-sebagai saudara perempuannya yang telah meninggal dan memeluknya. Meskipun dia membuatnya kalah dalam pertandingan, dia menemukan bahwa sentuhannya tidak membuatnya menjauh dan memutuskan untuk menjadikannya sebagai Pembatas. Satu-satunya pertanyaan adalah apakah kemitraan mereka dapat bertahan dari intrik kakak kelas mereka dan pertempuran yang akan datang dengan para Nova…
