Mithril, sebuah institusi militer rahasia yang menggunakan teknologi canggih untuk memerangi operasi teroris, menugaskan sebuah tim khusus untuk sebuah misi yang sensitif. Di bawah komando perwira atasan Melissa Mao, sersan Sousuke Sagara dan Kurz Weber harus secara diam-diam melindungi Kaname Chidori-seorang gadis remaja yang secara tidak sadar memiliki terobosan pengetahuan ilmiah dan dianggap sebagai “Whispered”-dari badan intelijen dan organisasi lain yang mengejar kemampuannya.
Sementara Kurz dan Melissa akan membantunya dari jarak jauh, Sousuke mendaftarkan diri ke sekolah menengah Kaname sebagai salah satu teman sekelasnya untuk mengawasinya dari dekat. Namun, didikan militeristik dan keterampilan sosialnya yang buruk menyebabkan penyesuaian yang sulit terhadap kehidupan sipil. Tidak hanya menarik perhatian yang tidak perlu, tetapi tindakannya juga sering membuat Kaname curiga padanya.
Meskipun berusaha sungguh-sungguh untuk memenuhi tugasnya, penyergapan teroris semakin memperumit tugas Sousuke. Menyadari dalang kejam di balik penyerangan itu, Sousuke meninggalkan perintahnya untuk memastikan keselamatan Kaname.
