Setelah bergabung dengan perlawanan terhadap bakufu, Gintoki dan gengnya bersembunyi, bersama dengan Katsura dan para pemberontak Joui. Yorozuya segera didekati oleh Nobume Imai dan dua anggota Kiheitai, yang menjelaskan bahwa bajak laut Harusame telah berbalik melawan Kapten Divisi ke-7 Kamui dan mantan sekutu mereka, Takasugi. Kiheitai memberi Gintoki sebuah tugas: menemukan Takasugi, yang telah hilang sejak kapalnya disergap dalam serangan Harusame. Nobume juga membuat pengungkapan yang menakjubkan tentang Tendoushuu, sebuah organisasi rahasia yang mengendalikan banyak faksi, dan pemimpin mereka Utsuro, sosok bayangan dengan kemiripan yang luar biasa dengan mantan guru Gintoki.
Dengan menumpang kapal luar angkasa milik Sakamoto, Yorozuya dan Katsura berangkat ke Rakuyou, planet asal Kagura, tempat berbagai faksi berkumpul dan ketegangan terjadi. Dendam lama, pertikaian politik, dan rencana besar Tendoushuu yang menyeramkan akhirnya berujung pada pertempuran besar dan menentukan di Rakuyou.
