Saat itu tahun 1999. Morioh, kota yang biasanya tenang dan damai, belakangan ini menjadi pusat aktivitas aneh. Joutarou Kuujou, yang sekarang menjadi ahli biologi kelautan, pergi ke kota misterius untuk menemui Jousuke Higashikata. Meskipun keduanya tampak seperti orang asing pada awalnya, Jousuke sebenarnya adalah anak haram dari kakek Joutarou, Joseph Joestar. Ketika mereka bertemu, Joutarou menyadari bahwa dia mungkin memiliki lebih banyak kesamaan dengan Jousuke daripada sekedar hubungan darah.
Bersama dengan Kouichi Hirose yang berwatak lembut dan Okuyasu Nijimura yang riuh, kelompok ini mendedikasikan diri mereka untuk menyelidiki orang hilang baru-baru ini dan kejadian mencurigakan lainnya di Morioh. Dibantu oleh kekuatan Stands, keempat pria tersebut akan menghadapi bahaya di setiap sudut jalan, karena mereka harus mengungkap rahasia kota, sebelum terjadi hal lain.
