Pada tahun 2311 Masehi, dunia yang dulunya penuh dengan konflik antar-benua kini bersatu, dipimpin oleh Federasi Bola Bumi (Earth Sphere Federation/ESF). ESF membentuk gugus tugas militer pencegahan yang dikenal sebagai A-Laws, menugaskan mereka untuk menutup organisasi teroris yang kejam. Ketika mereka mendapatkan lebih banyak otoritas hukum, A-Laws mulai memelintir hukum agar sesuai dengan agenda mereka sendiri, memerintah warga Bumi dengan tangan besi.
Menanggapi perilaku fasis A-Laws, kelompok anti-teroris Celestial Being muncul kembali. Dipimpin oleh pakaian bergerak canggih yang dikenal sebagai Gundam, para pilot Celestial Being mengobarkan perang baru dengan A-Laws, yang bertujuan untuk menghentikan penyalahgunaan kekuasaan mereka yang kejam.
Setsuna F. Seiei, pilot Gundam Exia, membantu memimpin serangan bersama rekan-rekannya sesama Gundam Meisters Lockon Stratos, Allelujah Haptism, dan Tieria Erde. Namun dalam prosesnya, Setsuna tersandung pada plot konspirasi yang dipelopori oleh faksi baru, Inovator, dan harus menghadapi luka lama dan hantu masa lalunya untuk menyelamatkan dunia yang membencinya.
