Di masa depan, ketergantungan manusia pada bahan bakar fosil akan menyebabkan kehabisan bahan bakar fosil, sebuah krisis energi yang belum pernah terjadi sebelumnya di dunia. Sebagai pembalasan dan ketakutan, umat manusia mulai berfokus pada sumber energi alternatif: tenaga surya. Berbagai negara bersatu untuk membentuk tiga faksi besar – Persatuan Energi Surya dan Negara Bebas, Uni Eropa Maju, dan Liga Reformasi Manusia. Masing-masing sektor ini memiliki akses ke pembangkit listrik tenaga surya, yang memberi mereka energi tak terbatas.
Akibatnya, negara-negara yang dulunya bergantung pada penjualan bahan bakar fosil kini jatuh dalam kemiskinan, yang menyebabkan peperangan dan perselisihan internal selama bertahun-tahun untuk menguasai energi surya. Di tengah kekacauan ini, sebuah organisasi paramiliter yang tidak dikenal muncul mengidentifikasi diri mereka sebagai “Makhluk Surgawi”, bercita-cita untuk mengakhiri semua peperangan melalui intervensi bersenjata dengan menggunakan Mobile Suit misterius dan berteknologi canggih yang dikenal sebagai Gundam.
Mobile Suit Gundam 00 mengikuti kisah Celestial Being’s Gundam Meisters Setsuna F. Seiei, Lockon Stratos, Allelujah Haptism, dan Tieria Erde. Keempatnya terjun ke dalam pertempuran dahsyat antara tiga negara adidaya untuk mencapai tujuan mereka mengubah dunia.
