Bertahun-tahun yang lalu, umat manusia hampir dimusnahkan oleh serangga lapis baja raksasa yang terlalu kuat dan agresif untuk ditangani. Karena serangga raksasa ini, manusia tidak lagi tinggal di bumi, melainkan di kota terapung. Namun, bukan berarti semuanya hilang, karena para penyihir dari akademi penyihir terapung yang bergengsi melawan monster-monster ini.
Kanata Age adalah seorang pemuda yang kini dicap sebagai pengkhianat meskipun ia pernah dipuji sebagai “Pendekar Pedang Hitam”. Dia mendapat kesempatan untuk memperbaiki reputasinya dengan menginstruksikan tim E601, yang tampaknya menghadapi beberapa kesulitan. Tim ini terdiri dari tiga gadis, Misora Whitale, Lecty Eisenach, dan Rico Flamel, yang masing-masing memiliki masalahnya sendiri. Tampaknya Kanata akan masuk ke perairan dalam lebih dari sekali karena mereka…
