Di masa depan yang jauh, manusia meninggalkan Bumi yang telah hancur dan melakukan perjalanan ke luar angkasa. Namun, karena fenomena yang tidak diketahui yang mencegah mereka melakukan perjalanan ke luar angkasa, umat manusia kembali ke Bumi hanya untuk menemukan Bumi yang tidak ramah, kecuali Jepang.
Untuk mengakomodasi seluruh populasi manusia, dimensi saku dibuat di sekitar Jepang untuk menampung penduduknya. Untuk menemukan cara untuk kembali ke luar angkasa, manusia mulai memerankan kembali sejarah manusia sesuai dengan kitab suci Perjanjian. Namun pada tahun 1413 di Era Perjanjian, bangsa-bangsa dari dimensi-dimensi saku menginvasi dan menaklukkan Jepang, membagi wilayah tersebut menjadi wilayah kekuasaan feodal dan memaksa penduduk asli Jepang untuk pergi.
Sekarang adalah tahun 1648 di Era Perjanjian, para pengungsi Jepang sekarang tinggal di kapal kota Musashi, di mana kapal ini terus berkeliling Jepang sambil diawasi oleh Testament Union, otoritas yang menjalankan kembali sejarah. Namun, rumor tentang kiamat dan perang mulai menyebar ketika Testament berhenti mengungkapkan apa yang terjadi selanjutnya setelah tahun 1648.
Memanfaatkan situasi ini, Toori Aoi, kepala Federasi Tertinggi Akademi Musashi Ariadust dan Presiden dewan mahasiswa, memimpin rekan-rekan sekelasnya untuk menggunakan kesempatan ini untuk mendapatkan kembali tanah air mereka.
