Mengikuti Little Busters setelah mereka kalah dalam pertandingan bisbol pertama mereka, tim memutuskan untuk mengadakan pesta pancake. Sudah hampir satu semester sejak kembalinya Kyousuke Natsume. Seperti biasa, Riki Naoe terus membantu anggota Little Busters—baik lama maupun baru—dalam menghadapi pergulatan batin mereka. Namun, kejadian aneh mulai terjadi, membuat Rin Natsume dan Riki semakin dekat untuk mengungkap kebenaran di balik “rahasia dunia ini”.
Tanpa disadari oleh Rin dan Rikki, penemuan mereka pada akhirnya akan mengubah kehidupan sehari-hari yang damai yang diciptakan oleh Little Busters untuk selamanya. Little Busters!: Refrain membawa kesimpulan pada kisah-kisah penuh warna dari para pemain ansambelnya—ditempa dengan beban emosi dan diperkuat dengan ikatan persahabatan—saat mereka menyadari penyesalan dan kelemahan mereka.
