Setelah merayakan kemenangannya melawan Al-Thamen, Aladdin dan teman-temannya meninggalkan tanah Sindria. Namun, dengan berakhirnya pertempuran, tibalah waktunya bagi mereka masing-masing untuk berpisah. Hakuryuu dan Kougyoku diperintahkan untuk kembali ke negara asal mereka, Kekaisaran Kou. Sementara itu Aladdin mengumumkan bahwa dia harus pergi ke Magnostadt—negara misterius yang diperintah oleh para penyihir—untuk menyelidiki peristiwa misterius yang terjadi di kerajaan baru ini dan menjadi lebih mahir dalam sihir. Sementara itu, didorong oleh kata-kata Aladdin, Alibaba dan Morgiana juga berangkat untuk mencapai tujuan mereka masing-masing: berlatih dan pulang ke tanah airnya.
Magi: Kerajaan Sihir mengikuti teman-teman ini saat mereka menjalani petualangan masing-masing, masing-masing menghadapi tantangannya sendiri. Namun, ancaman baru mulai muncul ketika perang besar akan segera terjadi…
