Hikaru Shidou, Umi Ryuuzaki, dan Fuu Hououji adalah orang asing yang dipertemukan oleh takdir saat mereka bertemu selama kunjungan lapangan yang tampaknya normal ke Tokyo Tower. Ditemani oleh kilatan cahaya yang besar, mereka mendengar permohonan seorang wanita misterius untuk menyelamatkan “Cephiro,” dan para remaja putri ini tiba-tiba tersapu oleh ikan terbang raksasa. Setelah itu, mereka tiba di tanah yang tidak dikenal, di mana mereka bertemu seorang pria bernama Master Mage Clef.
Clef menginformasikan para gadis bahwa mereka dipanggil oleh Putri Emeraude untuk memenuhi takdir mereka sebagai Ksatria Sihir, mengembalikan kedamaian dan keseimbangan di Cephiro. Tanah yang dulunya hidup dan damai itu telah dalam kekacauan sejak Pendeta Tinggi Zagato memenjarakan putri, yang bertindak sebagai pilar stabilitas Cephiro. Para Ksatria Sihir dengan enggan menerima kata-kata Clef sebagai kebenaran dan memulai perjalanan untuk menyelamatkan Cephiro dari cengkeraman kejahatan.
