Pada tahun 1923, krisis vampir melanda Tokyo. Diprovokasi oleh perdagangan ilegal “Ascra”, sumber darah buatan, populasi vampir mulai meningkat pesat di dalam kota. Di bawah perintah Letnan Jenderal Sounosuke Nakajima, Unit Pasukan Khusus 16 mengumpulkan vampir di dalam militer untuk menciptakan unit pemburu vampir baru yang menyamar yang dikenal sebagai Code Zero.
Yang memimpin unit ini adalah Kolonel Yoshinobu Maeda. Bertanggung jawab untuk menemukan sumber perdagangan Ascra serta menangkap dan membunuh vampir, dia ditekan untuk memberikan hasil yang bermanfaat di tengah meningkatnya kritik yang mengancam akan menonaktifkan unit tersebut. Lebih buruk lagi, para vampir di dalam unit tersebut berjuang untuk memahami kekuatan dan identitas baru mereka karena mereka bukan lagi manusia. Ketika dunia sedang berselisih melawan mereka, para anggota Code Zero harus menemukan cara untuk mengekang krisis ini atau menjadi korban dari sifat jahat mereka sendiri.
