Penampakan, keanehan, dan dewa-dewi terus bermunculan di sekitar Koyomi Araragi dan kelompok teman-temannya yang erat: Tsubasa Hanekawa, si jenius yang sederhana; Shinobu Oshino, si vampir penyuka donat; Suruga Kanbaru yang atletis; Mayoi Hachikuji, roh yang suka menggigit, penguntit Koyomi yang imut, Nadeko Sengoku; dan Hitagi Senjougahara, teman sekelas Koyomi yang suka menyendiri.
Seri Monogatari: Musim Kedua berkisah tentang orang-orang ini dan perjuangan mereka untuk mengatasi kegelapan yang semakin mendekat. Semester baru telah dimulai dan dengan kelulusan yang membayangi Koyomi, ia harus segera memutuskan jalan yang akan ia tempuh, serta hubungan dan teman yang akan ia selamatkan. Namun, saat kejadian-kejadian aneh mulai terjadi, Koyomi tidak dapat ditemukan, dan penampakan harimau ganas muncul saat ia tidak ada. Hanekawa telah menjadi targetnya, dan dia harus berjuang untuk dirinya sendiri-atau tunduk pada perspektif makhluk itu tentang kelemahan manusia.