Berkat teknologi Profesor Yuuko Kouzuki dan kekuatan psikis Kasumi Yashiro, Kadet Takeru Shirogane melakukan perjalanan kembali ke dunianya semula. Tanpa membuang waktu, Takeru bertujuan untuk meminta bantuan Yuuko di dunianya untuk menyelesaikan proyek Alternative IV – harapan terakhir yang dimiliki manusia untuk melawan BETA, spesies alien yang menginvasi planet ini. Saat proyek anti-BETA hampir selesai, Takeru dan taruna lainnya lulus dari akademi pelatihan pilot Yokohama.
Namun, selama uji coba sistem operasi baru untuk Tactical Surface Fighters-pakaian tempur raksasa yang digunakan oleh manusia untuk melawan musuh mereka-BETA menyergap Takeru dan timnya. Nyaris lolos dengan nyawanya, Takeru mengalami trauma setelah menyaksikan kematian kejam salah satu teman dekatnya.
Kehilangan semangat untuk bertarung, Takeru melarikan diri kembali ke dunia lain, di mana ia mengalami tragedi serupa. Menurut teori Yuuko, orang-orang dari alam semesta paralel pasti akan mengalami nasib yang sama. Akibatnya, Takeru harus mengatasi traumanya jika ingin melindungi orang-orang yang disayanginya.
