Kirino Kousaka, sang otaku fanatik, telah kembali dan menetap di Jepang bersama teman dan keluarganya. Terlepas dari apa yang telah dilakukan oleh kakaknya, Kyousuke, untuknya, Kirino terus mengabaikannya, yang membuatnya frustrasi. Dia khawatir bahwa bujukannya agar Kirino berhenti dari pelatihan atletik di Amerika dan pulang ke rumah mungkin telah merenggangkan hubungannya dengan Kirino. Selain itu, Kyousuke juga harus memecahkan kode pesan yang tegas dan samar dari Ruri “Kuroneko” Gokou, adik kelasnya di sekolah dan juga teman Kirino.
Seiring dengan semakin eratnya hubungan antara kedua saudara kandung dan teman-teman mereka, Kirino dan Kyousuke harus segera mencari cara untuk menangani hubungan ini, saling membantu satu sama lain untuk menyadari perasaan mereka sendiri dalam prosesnya. Meskipun demikian, Kirino masih bisa meluangkan waktu untuk memenuhi kebutuhan otaku-nya dengan ditemani kakaknya.
