Pada suatu hari yang tenang dan damai, langit terbelah dan makhluk luar angkasa, yang disebut sebagai The Unknown, melancarkan serangan yang cepat dan brutal terhadap umat manusia. Untuk melindungi masa depan negara, semua anak Jepang dibekukan secara kriogenik sampai akhir perang untuk menjauhkan mereka dari bahaya.
Beberapa tahun berlalu, dan umat manusia telah membangun pijakan di sebuah sudut Jepang, yang kini menjadi garis depan perang. Tidak lagi menghadapi kepunahan umat manusia, anak-anak terbangun dari tidurnya. Kemudian diketahui bahwa, saat berada di dalam cryogenesis, anak-anak tersebut telah mengembangkan Dunia, kekuatan supernatural yang unik untuk setiap orang. Enam anak yang paling kuat diberi komando atas kota-kota yang direklamasi, menggunakan kekuatan mereka untuk mempertahankan benteng melawan invasi yang terus berlanjut. Teman masa kecil Ichiya Suzaku dan Canaria Utara memimpin Tokyo, kakak beradik Kasumi dan Asuha Chigusa memimpin Chiba, serta Maihime Tenkawa dan Hotaru Rindou mengawasi Kanagawa.
Seiring berjalannya waktu, serangan yang hampir rutin dari The Unknown dan kepribadian yang saling bertolak belakang dari para kepala kota dan kepala daerah menumbuhkan persaingan kecil, yang mengarah pada pertengkaran terus-menerus di antara ketiga kota tersebut. Dengan The Unknown yang tiba-tiba meningkatkan tekanan serangan mereka, para pemimpin ketiga kota harus belajar bagaimana bekerja sama atau berisiko kehilangan garis pertahanan terakhir melawan kepunahan manusia.
