“Labirin” adalah ruang yang luas jauh di bawah tanah tempat manusia hidup dalam kelompok yang dikenal sebagai “koloni”. Selama bertahun-tahun, permukaan telah menjadi kenangan yang jauh-bahkan mungkin hanya fantasi bagi mereka yang belum pernah mengalami keajaibannya.
Untuk memastikan umat manusia bertahan hidup dalam kondisi yang keras di bawah tanah, warga koloni dapat mengambil berbagai pekerjaan khusus. Pekerjaan ini termasuk “Pekerja,” yang menambang bijih berharga untuk bahan bakar koloni, dan “Penanda,” yang melakukan perjalanan ke dalam lingkungan Labirin yang sangat subur untuk membawa kembali informasi yang memudahkan navigasi. Namun, umat manusia juga menghadapi ancaman terhadap keberadaannya-makhluk yang disebut “kaijuu” yang ukurannya berkisar dari anak kecil hingga bangunan besar, dan memusuhi manusia yang mereka lihat. Selain itu, kaijuu yang berukuran cukup besar dapat memaksa masuk ke dalam koloni, yang semakin meningkatkan tingkat ancaman mereka.
Memenpu adalah seorang lulusan perguruan tinggi berusia sembilan tahun yang penemuannya sangat bermanfaat bagi para Pekerja di koloni lokalnya. Namun, baru-baru ini, dia memimpikan sebuah tempat dengan langit-langit tanpa batas yang tidak terikat oleh batuan dasar. Aspirasi ini mendorong keinginannya untuk menjadi Marker dan menjelajahi Labirin yang tidak diketahui untuk mencari tempat yang fantastis. Meskipun ayahnya, Gagumber, tidak setuju, sebuah insiden tertentu dengan kaijuu memulai petualangan yang berbahaya namun mengasyikkan yang pasti akan mengubah arah manusia selamanya.
