Fuu Kasumi adalah seorang pelayan muda dan kikuk yang menghabiskan hari-harinya dengan tenang bekerja di sebuah kedai teh kecil. Sampai dia tidak sengaja menumpahkan minuman ke salah satu pelanggannya! Dengan sekelompok samurai yang terus mengganggunya, Fuu dengan putus asa memanggil samurai lain di kedai tersebut, Mugen, yang dengan cepat mengalahkan mereka dengan teknik bertarungnya yang liar, menggunakan gerakan yang mirip dengan breakdance. Sayangnya, Mugen memutuskan untuk bertarung dengan ronin Jin yang tidak mau bertarung, yang menggunakan gaya pertarungan pedang yang lebih tepat dan tradisional, dan Jin terbukti menjadi lawan yang tangguh. Satu-satunya masalah adalah, mereka akhirnya menghancurkan seluruh toko dan secara tidak sengaja membunuh putra hakim setempat.
Atas kejahatan mereka, kedua samurai tersebut ditangkap dan akan dieksekusi. Namun, mereka diselamatkan oleh Fuu, yang mempekerjakan keduanya sebagai pengawalnya. Meskipun dia tidak lagi memiliki tempat untuk kembali, mantan pelayan ini ingin menemukan seorang samurai yang mencium bau bunga matahari dan meminta bantuan pasangan yang sekarang telah dibebaskan untuk melakukannya. Meskipun awalnya tidak setuju dengan ide ini, keduanya akhirnya setuju untuk membantu gadis itu dalam pencariannya; dengan demikian, ketiganya memulai petualangan untuk menemukan pejuang misterius ini-yaitu, jika Fuu dapat mencegah Mugen dan Jin membunuh satu sama lain.
Berlatar belakang zaman Edo di Jepang, Samurai Champloo mengikuti perjalanan ketiga individu eksentrik ini dalam pencarian epik yang penuh dengan aksi, komedi, dan pertarungan pedang yang dinamis, semuanya diiringi dengan irama musik hip-hop yang unik.
