Jauh sebelum era manusia prasejarah, spesies alien yang maju menghuni Bumi. Lalai akan kekuatan yang mereka miliki, makhluk-makhluk ini pada akhirnya menyebabkan kehancuran mereka sendiri. Namun, para alien meninggalkan peringatan bagi peradaban masa depan pada tablet yang tidak bisa dihancurkan: untuk menghancurkan sisa-sisa teknologi penghancur yang diciptakan oleh jenis mereka.
Di zaman modern, ARCAM Corporation dan unit paramiliter mereka-Spriggans-berusaha untuk menyegel peninggalan tersebut dan mencegah para pemberontak mengeksploitasi kekuatan mereka. Menyusul penemuan ARCAM baru-baru ini di Pegunungan Ararat yang diyakini sebagai Bahtera Nuh yang mistis, Spriggan Yuu Ominae telah dikirim untuk menyelidiki.
Namun, situs ini disergap oleh Korps Mesin AS-sebuah faksi radikal dari Departemen Pertahanan yang dipimpin oleh Kolonel MacDougall. Atas perintah Pentagon, MacDougall berusaha mengamankan ilmuwan utama ARCAM dan merebut artefak tersebut. Bekerja sama dengan sesama Spriggan Jean Jacquemondo, Yuu harus menghentikan MacDougall dan tentara elit Korps Mesin untuk maju dengan Bahtera sebelum terlambat.
