Yuuta Hibiki terbangun di kamar Rikka Takarada dan menyadari dua hal: dia tidak memiliki ingatan, dan dia dapat mendengar suara misterius yang memanggil namanya dari kamar di dekatnya. Setelah diperiksa lebih lanjut, ia menemukan sebuah robot-yang memperkenalkan dirinya sebagai Hyper Agent Gridman-di balik layar komputer tua. Yang sangat mengejutkan Yuuta, Rikka tidak dapat mendengar Gridman, dan juga tidak dapat melihat monster-monster yang tidak menyenangkan yang membayangi kabut tebal yang menyelimuti kota di luar.
Monster raksasa lainnya muncul di kota dan mulai mendatangkan malapetaka. Di tengah-tengah kebingungan, Yuuta sekali lagi tertarik pada komputer lama dan bergabung dengan Gridman. Tiba-tiba, dia muncul di tengah-tengah pertempuran dan dipaksa untuk melawan monster tersebut. Bersama dengan Rikka dan teman sekelasnya, Shou Utsumi, Yuuta membentuk “Aliansi Gridman” untuk mengalahkan monster-monster yang menjangkiti kota dan menemukan siapa pun yang bertanggung jawab atas kemunculan mereka.
