Lima puluh tahun yang lalu, raksasa cahaya luar angkasa yang dikenal sebagai Ultraman menyelamatkan bumi, namun kemudian lenyap. Inang manusia Ultraman, Shin Hayata, tidak memiliki ingatan apapun tentang masa-masa dia menjadi pahlawan. Putra Hayata yang masih kecil, Shinjirou, ternyata terlahir dengan tubuh yang lebih kuat dan tangguh dibandingkan manusia biasa. Organisasi yang membantu Ultraman, SSSP, mengungkapkan masa lalu Hayata kepadanya. Ayahnya kemudian mengenakan kostum kekuatan lagi, mengambil peran sebagai Ultraman sekali lagi.
Suatu malam, Shinjirou diserang oleh alien bernama Bemular dan diselamatkan oleh ayahnya, yang terluka parah dalam pertempuran. Dengan alien berbahaya yang mengintai di kota dan Hayata yang tidak bertugas, tugas Shinjirou adalah mengambil alih tugas tersebut. Namun, dalam bekerja dengan SSSP sebagai Ultraman baru, Shinjirou mendapati dirinya bertanya-tanya sejauh mana dia bersedia untuk membantu orang lain.
