Pada tahun 2035, sebuah insiden yang dikenal sebagai “Ledakan” terjadi di sebuah fasilitas penelitian Jepang, melahirkan “Materi” yang berkembang pesat, memakan, dan mereplikasi dirinya sendiri. Mengular melalui sisa-sisa bendungan dan fasilitas militer di Ngarai Kurobe, Matter yang tidak bersahabat ini dikepung oleh satuan tugas yang berusaha mencegahnya mencapai lautan dan tentara bayaran yang mencari kebenaran di balik keberadaannya.
Aiko Tachibana hidup di bawah pengawasan medis yang konstan setelah diselamatkan dari Matter. Dia menghabiskan hari-harinya menunggu kesembuhannya dengan membuat pesawat kertas. Tak lama kemudian, kesehariannya di sekolah terganggu oleh kedatangan siswa pindahan Yuuya Kanzaki, yang kemudian menunjukkan sejumlah kejanggalan pada tubuhnya. Mengapa dia tidak pernah terluka, dan mengapa dia tiba-tiba tidak lagi membutuhkan kursi rodanya? Dia mengklaim bahwa ada lebih banyak hal tentang keberadaannya daripada yang selama ini dipercayai, dan dia sendiri yang memegang kunci untuk mengakhiri The Burst.
Dengan banyaknya faksi yang tertarik pada Aiko, dia dan Yuuya harus mengumpulkan sekutu dan memulai ziarah berbahaya ke jantung jurang yang penuh sesak sebelum jaring dapat menutup di sekitar mereka. Untuk melarikan diri dari konspirasi yang bergerak melawan mereka, keduanya harus berhadapan dengan Matter-musuh yang mengalir seperti air.
