Lima puluh tahun yang lalu, makhluk misterius yang dikenal sebagai “Raksasa” tiba-tiba muncul di seluruh dunia, menimbulkan ancaman eksistensial bagi umat manusia. Untuk mempertahankan diri dari ancaman ini, para prajurit dalam bentuk gadis remaja yang dikenal sebagai “Lilies” menggunakan energi “Magie” di dalam tubuh mereka untuk menggerakkan senjata yang disebut “Counter Huge ARMS” atau “CHARMS”.
Setelah diselamatkan oleh seorang Lily dua tahun lalu ketika mengungsi dari serangan Raksasa, Riri Hitotsuyanagi bersumpah untuk menjadi seorang Lily. Dia mendaftar di akademi bergengsi Yurigaoka, tempat pelatihan Lilies, dan menemukan bahwa salah satu teman sekelasnya adalah Yuyu Shirai – Lily yang sama yang menyelamatkannya. Namun, yang membuatnya bingung, orang yang dikiranya ceria ternyata cukup antisosial dan lebih suka berkelahi sendirian. Meskipun begitu, Riri tetap ingin bergaul dengan Yuyu dan bersedia melakukan apa saja untuk mencapai tujuan tersebut.
Dengan Yuyu dan Lili lainnya di sisinya, perjalanan Riri untuk menjadi salah satu dari mereka baru saja dimulai!
