Musim panas yang indah kembali berlalu untuk Illyasviel von Einzbern. Beristirahat sejenak dari tugas sebagai gadis penyihir, ia menikmati waktu liburnya setelah mengumpulkan Kartu Kelas bersama sahabatnya, Miyu Edelfelt.
Namun, waktu istirahatnya tiba-tiba berakhir ketika dia dan Miyu diculik oleh Rin Toosaka dan Luviagelita Edelfelt, saat sedang keluar bersama teman-temannya. Para gadis ajaib mengetahui bahwa pekerjaan mereka masih jauh dari selesai, karena Menara Jam memberi tahu mereka bahwa mana yang tidak terkendali yang diperkirakan telah disegel terus menyebar ke seluruh Kota Fuyuki. Setelah menuju ke titik asal mana yang tidak terkendali, Illya dan Miyu ditugaskan untuk menyelesaikan anomali tersebut.
Namun setelah merapalkan mantra mereka, Illyasviel menemukan bahwa dia terbagi menjadi dua orang! Saat wujud baru yang misterius ini melesat pergi, dia hanya bisa bertanya-tanya: apa yang akan terjadi dengan keberadaan dopplegänger-nya, yang mengamuk di kota yang tidak menaruh curiga?
