Ketika Perang Cawan Suci Keempat berkecamuk tanpa pemenang yang jelas, para Servant yang tersisa dan Master mereka dipanggil oleh pengawas Gereja Risei Kotomine, untuk bersatu dan menghadapi ancaman yang akan datang yang dapat mengungkap Perang Cawan dan membawa kehancuran Kota Fuyuki. Gencatan senjata yang tidak nyaman segera runtuh saat para Master menunjukkan bahwa mereka akan melakukan apa pun dengan kekuatan mereka, tidak peduli seberapa hina, untuk menang.
Benih keraguan ditaburkan di antara Kiritsugu Emiya dan Saber, Pelayannya, saat ideologi mereka yang bertentangan tentang kepahlawanan dan kesatria berbenturan. Sementara itu, sebuah ikatan yang tidak menyenangkan terbentuk antara Kirei Kotomine, yang masih berusaha menemukan tujuan hidupnya, dan salah satu Servant yang tersisa. Ketika hitungan mundur menuju akhir perang mencapai nol, biaya untuk menang mulai mengaburkan batas antara kemenangan dan kekalahan.
