Suatu hari, sebuah UFO besar berputar di atas Jepang dan menabrak lahan pertanian pedesaan di luar Nagaoka, mengganggu kehidupan biasa Tsubasa Misudachi. Saat Gatchaman, pembela legendaris Kota Tachikawa, mengawasi cobaan berat ini, makhluk asing yang damai muncul dari pesawat ruang angkasa. Dalam kekacauan yang terjadi, Tsubasa diberi buku catatan berteknologi tinggi khusus, atau NOTE, dari pendiri Gatchaman, J.J. Robinson, yang menandakan perekrutan Tsubasa secara tiba-tiba ke dalam kelompok mereka. Di bawah bimbingan sesama pahlawan Hajime Ichinose, Tsubasa perlahan-lahan mulai menyesuaikan diri dengan kehidupan sebagai pembela keadilan.
Sementara itu, teknologi CROWDS, yang memungkinkan pengguna untuk mewujudkan kesadaran mereka ke dalam bentuk fisik, menyebar di kalangan masyarakat, serta didukung oleh Perdana Menteri Sugayama. Namun, sebuah organisasi misterius yang dikenal sebagai VAPE telah menjadi terkenal dengan menggunakan CROWDS merah yang unik untuk menimbulkan kekacauan, menggeser opini publik yang menentang teknologi CROWDS. Gatchaman, bersama dengan anggota baru Tsubasa, harus menghentikan kegiatan destruktif mereka sebelum terlambat.
