Tiba-tiba, muncul parasit alien yang disebut “Gastrea”. Dengan mata merah yang bersinar, kekuatan yang luar biasa, dan kemampuan regenerasi yang tak terukur, mereka menyerang dan manusia mengalami kekalahan telak tanpa daya. Kini, setelah kehilangan sebagian besar wilayahnya, umat manusia terpaksa hidup dalam ketakutan dan bersembunyi di “Area” yang sempit, dikelilingi Monolith yang terbuat dari metal “Varanium”, satu-satunya kelemahan Gastrea.
Di tengah situasi ini, sebagai perlawanan kecil manusia yang bertahan hidup, terbentuklah sebuah kelompok spesialis yang disebut “Perusahaan Keamanan Sipil”, atau disingkat “Sipil”. Rentaro Satomi, seorang siswa SMA yang tergabung dalam Perusahaan Keamanan Sipil Tendo, bersama dengan partner gadisnya, Enju Aihara, terlibat dalam rencana berbahaya yang mengancam akan menghancurkan Tokyo.
