Monster mengerikan mirip Godzilla yang disebut “kaijuu” telah muncul di Jepang selama bertahun-tahun. Untuk memerangi makhluk-makhluk ini, sebuah unit militer elit yang dikenal sebagai Korps Pertahanan mempertaruhkan nyawa mereka setiap hari untuk melindungi warga sipil. Setelah makhluk itu terbunuh, para “penyapu” yang bekerja di bawah Perusahaan Pembersih Kaijuu Profesional akan membuang sisa-sisanya.
Kafka Hibino, seorang pria berusia 32 tahun, tidak puas dengan pekerjaannya sebagai penyapu. Sejak usia muda, ia bercita-cita untuk bergabung dengan Korps Pertahanan dan membunuh kaiju untuk mencari nafkah. Namun, setelah beberapa kali gagal, dia menyerah pada mimpinya dan pasrah pada pekerjaan biasa-biasa saja yang memberikan gaji yang layak. Namun demikian, ketika seorang rekrutan baru berusia 18 tahun yang ambisius bernama Leno Ichikawa bergabung dengan tim kebersihannya, Kafka sekali lagi teringat akan keinginannya untuk bergabung dengan militer.
Setelah serangkaian kejadian yang tidak menguntungkan dan interaksi dengan tukang sapu junior, Kafka bertemu dengan kaijuu jenis parasit yang memaksa masuk melalui mulutnya-mengubahnya menjadi monster humanoid. Dengan kekuatan barunya, Kafka bertujuan untuk mewujudkan impiannya untuk terakhir kalinya.
