Pada tahun 2314 M, dunia berada dalam kedamaian. Berkat pengorbanan Celestial Being dan para pilot mobile suitnya, penduduk Bumi menikmati masa kemakmuran dan kesatuan, hidup dalam ketenangan yang sebelumnya dianggap mustahil. Celestial Being, sebuah organisasi yang dulunya dianggap sebagai penjahat oleh Federasi Bumi, kini diakui sebagai pahlawan dalam persepsi publik, dirayakan dalam film dan budaya.
Ketika ancaman dari luar angkasa datang ke Bumi, mengancam stabilitas damai yang baru saja diperoleh, Celestial Being kembali beraksi. Dipimpin oleh pilot ace Setsuna F. Seiei, para Gundam Meister dari kelompok tersebut bertarung melawan pasukan alien yang bermusuhan, bersekutu dengan rival lama untuk melindungi umat manusia dari kehancuran yang pasti.
