Siswa sekolah menengah tahun kedua Ichirou Satou selalu menjadi orang biasa—sampai dia mengalami situasi yang tidak terlalu biasa dengan gurunya, Kana “The Demon” Kojima. Kojima adalah guru bahasa Jepang Satou dengan reputasi kejam sehingga bahkan anak nakal di sekolah pun tunduk padanya. Suatu hari yang menentukan, segalanya meningkat ketika Satou bertemu Kojima di kamar kecil, membuat mereka berbagi pertemuan intim yang membuat imajinasinya menjadi liar selama berhari-hari setelahnya.
Nande Koko ni Sensei ga? mengikuti kehidupan sehari-hari Satou dan gurunya saat mereka terus bertemu dalam kondisi yang sama, semakin dekat di setiap pertemuan.
