Dengan munculnya virus misterius yang membunuh semua orang yang berusia di atas 13 tahun, umat manusia diperbudak oleh vampir yang sebelumnya tersembunyi dan haus kekuasaan yang muncul untuk menaklukkan masyarakat dengan janji untuk melindungi mereka yang selamat, sebagai imbalan atas sumbangan darah mereka.
Di antara mereka yang selamat adalah Yuuichirou dan Mikaela Hyakuya, dua anak laki-laki yang diculik dari panti asuhan, bersama dengan anak-anak lain yang mereka anggap sebagai keluarga. Tidak puas diperlakukan seperti hewan ternak di bawah kekuasaan vampir yang kejam, Mikaela membuat rencana pelarian yang pada akhirnya gagal. Satu-satunya yang selamat dan keluar dari sisi lain adalah Yuuichirou, yang ditemukan oleh Moon Demon Company, unit militer yang didedikasikan untuk memusnahkan vampir di Jepang.
Bertahun-tahun kemudian, sekarang menjadi anggota Tentara Iblis Kekaisaran Jepang, Yuuichirou bertekad untuk membalas dendam pada makhluk yang membantai keluarganya, tetapi dengan cara apa?
Owari no Seraph adalah anime shounen supernatural pasca-apokaliptik yang mengikuti pencarian seorang pemuda untuk membalas dendam, sambil berjuang demi persahabatan dan kesetiaan melawan rintangan yang tampaknya mustahil.
