Sepuluh tahun telah berlalu sejak berakhirnya Bakumatsu, sebuah era perang yang menjadi saksi pemberontakan rakyat melawan Keshogunan Tokugawa. Para revolusioner ingin menciptakan masa perdamaian, dan sebuah negara yang berkembang dan bebas dari penindasan. Zaman baru Meiji telah tiba, tetapi perdamaian belum tercapai. Pedang dilarang, tetapi orang-orang masih dibunuh di jalanan. Anak yatim piatu dari veteran perang tidak memiliki tempat tinggal, sementara pemerintah tampaknya puas dengan hanya mengisi kantong mereka dengan uang.
Seorang samurai pengembara, Kenshin Himura, masih bekerja untuk memastikan bahwa nilai-nilai yang dia perjuangkan sepadan dengan nyawa yang dihabiskan untuk membawa era baru. Dikenal sebagai Hitokiri Battousai, ia ditakuti sebagai pembunuh paling kejam dari semua revolusioner. Sekarang dihantui oleh rasa bersalah, Kenshin telah bersumpah untuk tidak pernah membunuh lagi sebagai penebusan atas nyawa yang diambilnya, dan dia mungkin tidak akan pernah tahu kedamaian sampai pembunuhan menjadi sesuatu dari masa lalu.
Sekarang di tahun ke-11 Meiji, Kenshin menemukan Kaoru Kamiya, pemilik dan kepala instruktur sebuah dojo kecil yang diancam akan ditutup. Kepolisian tidak berdaya untuk menghentikan serangkaian pembunuhan yang dilakukan atas nama dojo oleh seorang pria yang mengaku sebagai Battousai yang terkenal. Pengembaraan Kenshin terhenti untuk sementara waktu saat ia bergabung dengan Kaoru untuk membersihkan nama mereka berdua. Namun, berapa lama dia bisa bertahan sebelum masa lalunya menyusulnya?
