Minato Sahashi, seorang pemuda berusia 19 tahun yang penuh perjuangan namun brilian, telah gagal dalam ujian masuk perguruan tinggi untuk kedua kalinya, yang membuatnya dianggap tidak berharga oleh orang-orang di sekitarnya. Namun, masa depannya yang tampaknya suram berubah secara dramatis ketika seorang wanita cantik dan supernatural jatuh dari langit dan masuk ke dalam kehidupannya. Wanita itu, Musubi, adalah makhluk unik yang dikenal sebagai “Sekirei,” makhluk luar angkasa humanoid dengan kemampuan luar biasa. Makhluk asing ini dikenal suka mencium manusia yang membawa gen Ashikabi untuk membangkitkan kekuatan laten tambahan yang ada di dalam dirinya.
Menyadari potensi dalam diri pemuda yang tampaknya tidak penting, Musubi mencium Minato yang kebingungan, memulai ikatan di antara mereka berdua. Hal ini menyeretnya ke dalam dunia Sekirei yang penuh dengan pertaruhan, di mana ia dan rekan barunya harus bersaing dengan yang lain dalam pertempuran untuk bertahan hidup yang disebut “Rencana Sekirei.” Namun, tanpa sepengetahuan para kontestan, ada lebih banyak risiko yang dihadapi daripada apa yang awalnya menjadi tujuan kompetisi ini.
