Setelah pertarungan yang sukses di Tokyo Tower, para gadis Mew Mew menikmati jeda sementara. Sekarang Ichigo Momomiya dan Masaya Aoyama telah menyatakan perasaan mereka satu sama lain, Ichigo sangat senang menghabiskan waktu bersama pacar barunya. Namun, waktu istirahat mereka yang singkat terganggu, dan segera mereka harus bertempur melawan Chimera Anima lagi. Ketika segala sesuatunya menjadi kacau dalam pertarungan berikutnya, Ichigo ditempatkan dalam bahaya besar.
Tepat ketika segala sesuatunya terlihat sangat suram, Ksatria Biru yang misterius tiba dan menyelamatkan Ichigo, menyatakan bahwa dia dilahirkan untuk melindunginya, sebelum menghilang. Dengan nasib dunia di pundak mereka dan identitas Ksatria Biru yang dipertanyakan, para gadis Mew Mew harus berjuang untuk menciptakan keseimbangan antara pertempuran melawan alien dan kehidupan pribadi mereka.
