Emma, Ray, dan anak-anak yang lebih tua telah lolos dari kungkungan Grace Field House. Namun, dengan setan yang tak henti-hentinya berusaha menangkap mereka, perjuangan berat mereka untuk mendapatkan kebebasan baru saja dimulai.
Meskipun bertualang di padang gurun yang berbahaya, anak-anak tetap optimis karena memiliki buku-buku yang ditulis oleh William Minerva. Di dalam buku-bukunya terdapat pesan-pesan yang merinci dunia di luar peternakan-informasi yang dapat membantu mereka bertahan hidup dengan sumber daya terbatas yang mereka miliki. Namun, ketika para pengejar mereka semakin mendekat, anak-anak ini akan menghadapi situasi yang paling mengerikan.
Dalam Yakusoku no Neverland Musim ke-2, anak-anak berjuang untuk bertahan hidup di dunia asing yang kejam, berjuang untuk menemukan tempat perlindungan yang dapat mereka sebut rumah.
