Pada tahun ke-11 Era Meiji, berakhirnya keshogunan samurai dan pelarangan penggunaan pedang telah meninggalkan bekas luka yang membekas di Jepang. Tidak senang dengan perubahan baru-baru ini, banyak mantan samurai berkomplot melawan pemerintahan baru, sehingga memicu gelombang pertumpahan darah. Untuk melawan gerakan ini, pemerintah membangun penjara raksasa di tengah Danau Biwa.
Ditugaskan secara tidak resmi untuk membantu polisi menangkap penjahat, Tenka Kumou juga bertugas sebagai tukang perahu ke penjara Danau Biwa dengan bantuan dua adiknya: Soramaru yang ambisius dan Chuutarou yang antusias. Bersama dengan mantan ninja Fuma Shirasu Kinjou, Kumou bersaudara menjalani kehidupan yang hemat dan menyenangkan yang sebagian besar didedikasikan untuk belajar dan berlatih.
Namun, di balik rutinitas sehari-hari yang relatif lancar ini, momok kutukan “Orochi” mulai membayangi kota Oumi. Menurut legenda, setiap tiga ratus tahun, Orochi bereinkarnasi ke dalam wadah manusia—dan diyakini bahwa ini adalah pertanda bencana yang akan segera terjadi. Saat berbagai kelompok bentrok untuk mencari kapal Orochi, beberapa bertujuan untuk menutup kutukan, sementara yang lain mempunyai rencana yang lebih gelap.
