Setelah satu tahun absen, Shinpachi Shimura kembali ke Edo, hanya untuk menemukan kejutan yang mengejutkan: Gintoki dan Kagura, sesama anggota Yorozuya, telah menjadi karakter yang sama sekali berbeda! Melarikan diri dari markas Yorozuya dengan kebingungan, Shinpachi mendapati bahwa semua penghuni Edo telah mengalami perubahan yang sangat ekstrem, baik dari segi penampilan maupun kepribadian. Yang paling sulit dipercaya, saudara perempuannya, Otae, telah menikah dengan kepala suku Shinsengumi dan penguntit tak tahu malu, Isao Kondou, dan sedang mengandung anak pertama mereka.
Bingung, Shinpachi setuju untuk bergabung dengan Shinsengumi atas permintaan Otae dan Kondou dan menemukan transformasi yang lebih mengejutkan yang terjadi baik di dalam maupun di luar jajaran organisasi. Namun, setelah mengetahui bahwa Wakil Ketua Toushirou Hijikata tetap tidak berubah, Shinpachi dan sekutu Shinsengumi yang tidak biasa berangkat untuk mengembalikan kota Edo seperti yang mereka ingat.
Dengan lelucon yang lebih kotor, parodi yang menjulurkan lidah, dan referensi yang tidak tahu malu, Gintama’ mengikuti tim Yorozuya melalui lebih banyak lagi kesialan mereka di dunia Edo yang semarak dan penuh dengan makhluk asing.
