Suatu hari, matahari merah yang cerah berhenti bersinar, menyebabkan “Fenomena Kehancuran” – kehancuran kota Arata Kasuga dan lenyapnya orang-orang yang menghuninya. Namun, semuanya belum hilang; dengan menggunakan buku catatan ajaib yang diberikan oleh teman masa kecil dan sepupunya, Hijiri Kasuga, dunia Arata direkonstruksi secara artifisial.
Untuk menyelidiki fenomena tersebut, Lilith Asami muncul di hadapan Arata, yang dunia buatannya tiba-tiba hancur. Dia diberi dua pilihan: menyerahkan buku itu, atau mati. Namun, Arata memilih pilihan ketiga-mendaftarkan diri ke sekolah sihir rahasia Royal Biblia Academy, di mana enam pengguna sihir lainnya menunggunya. Bersama Lilith, keenamnya membentuk Trinity Seven, kelompok elit di sekolah tersebut yang masing-masing memiliki kekuatan dan keahlian tersendiri.
Dengan ambisi untuk menyelamatkan Hijiri dan bantuan teman-teman barunya, Arata tidak akan berhenti untuk mencegah kehancuran kota kelahirannya yang tercinta dan membawa sahabatnya kembali.
