Ketika Ichika Orimura berangkat untuk mengunjungi laboratorium Kuramochi Engineering, musuh tak dikenal meretas ke dalam inti Akademi IS dan melumpuhkan sistemnya. Untuk menangkis serangan dan memperbaiki kerusakan, kakak perempuannya, Chifuyu, bergabung dengan harem Ichika: Houki Shinonono, Cecilia Alcott, Huang Lingyin, Laura Bodewig, dan Charlotte Dunois. Bersama-sama, mereka memanfaatkan realitas virtual untuk menghadapi lawan-lawan mereka dalam jaringan IS Academy.
Tanpa sepengetahuan mereka, sebuah malware bernama “World Purge” diaktifkan ketika mereka memasuki dunia digital. Program ini memaksa mereka masuk ke dalam realitas yang dibuat-buat, di mana mereka masing-masing mengalami versi romantis yang ideal dari ikatan mereka dengan Ichika. Setelah Ichika kembali ke IS Academy, terserah dia untuk menyelamatkan kelima gadis itu dan membangunkan mereka dari realitas virtual ini.
